Majlis undian telah diadakan pada 16 Mei 2024, jam 19:00 (MST) yang disiarkan secara langsung di Astro Arena (801), Astro Arena Bola (803), Astro Go dan YouTube Astro Arena.[5] Pasukan akan dibahagikan kepada balang mereka mengikut kedudukan akhir mereka dalam Liga Super Malaysia 2023, dan pasukan yang dipilih dari Liga Semi-Pro 2024-25 akan mewakili kejohanan tertakluk kepada kelulusan Lembaga Pengarah MFL. Balang A termasuk 8 pasukan terbaik dari Liga Super, Balang B termasuk kedudukan ke-9 hingga ke-13 dari Liga Super. Balang C termasuk tiga pasukan dari Liga Semi-Pro A1. Pasukan diagihkan akan ditarik menentang pasukan tidak diagihkan, dengan pasukan diagihkan menjadi tuan rumah untuk pusingan 16.[6] Undian adalah seperti berikut;